Jan Palach 1948. augusztus 11-én született Vsetaty-ban.
Szülei, Josef és Libuse Palach, édességboltjukban dolgoztak, annak 1948-ban történt államosításáig. Édesapja ezután közönséges gyári munkásként kereste kenyerét, édesanyja pedig bolti eladóként dolgozott.

Az evangélikus családban Jan a másodszülött fiú volt, bátyja, Jiri, hét évvel volt idősebb nála. Jan Palach gyermek és fiatalkorát Vsetaty-ban töltötte, ott járt általános isklolába is. Jan 13 éves volt, amikor édesapja meghalt. A fiatal fiút odaadó apjának elvesztése nagyon megviselte.
1963-ban kezdte meg gimnáziumi tanulmányait Melnikben. Ekkor kezdett érdeklődni a történelem iránt, és a humán tárgyak iránt.

1966-ban az érettségi után a prágai Károly Egyetem filozófia szakára jelentkezett. A felvételi vizsgája jól sikerült, de a jelentkezők magas száma miatt mégsem nyert felvételt. Ezért a prágai Közgazdasági Iskolában folytatta tanulmányait, ahol négy szemesztert sikeresen el is végzett. Az iskola diákjaként élte meg az 1968-as Prágai Tavaszt. A diákok többsége – köztük Jan Palach is – lelkes figyelemmel kísérte a politikai eseményeket. 1968. nyarán járt a Szovjetunióban, valamint dolgozott Franciaországban is.

A drámai 1968-as esztendő őszén Jan Palach átiratkozott a Károly Egyetem történelem - politkai gazdaságtan szakára, ahol aktívan részt vett novemberben a megszállás ellen kibontakozó sztrájkokban.

Az ünnepeket vidéken töltötte édesanyjánál, és 1969. elején tért vissza Prágába, hogy megkezdje felkészülését a vizsgaidőszakra. Január 15-én ismét vidékre utazott nagybátyja temetésére. Január 16-án vonatra szállt Prága felé. A kollégiumban írta meg utolsó levelét, melynek másolatát közlési szándékkal elküldte az Írószövetség címére.

Január 16-án, nem sokkal délután 4 óra előtt a Vencel téren, a Nemzeti Múzeum előtt, Jan Palach benzint locsolt a ruhájára és meggyújtotta magát. Futni kezdett, majd pár méter után összeesett. Ekkor egy segítségére siető férfi  rádobta a kabátját a még eszméleténél lévő fiúra. A kiérkező mentők a Legerova utcai kórházba szállították. Égési sebei testének 85 százalékát borították. Három napot élt még,

1969. január 19-én hunyt el. Temetésére január 25-én került sor Prágában. A gyászszertartás csöndes és mély tiltakozás volt az ország megszállása ellen. Jan Palach-ot a prágai Olsany temetőben helyezték örök nyugalomra.

1969. január 20-án nagy tömeg gyülekezett a Vencel téren, majd nemzeti zászlókkal csendesen menetelt végig Prága utcáin a Károly Egyetemig, ahol Jan Palach esztétikát tanult. A gyászmenetben Jan Palach nagyméretű fényképét vitték és egy feliratot „Hűek maradunk”. A Filozófia Tanszék előcsarnokában az órákat megállították, hogy Jan Palach mártíriumának pontos idejét mutassák: délután 3.15-öt. Délután 5-kor a fakultáns előtti tér és a környező utcák tömve voltak emberekkel. A tanszék karzatán oktatók, diákok, munkások, és politikusok is álltak.

Ezen a napon gyújtotta fel magát a csehszlovákiai Pilsenben Jozef Hlavitny, 25 éves munkás. Január 25-én hunyt el.