A Terror Háza Múzeum állandó kiállítása a második emeleten kezdődik. Ezen a szinten 8 kiállítóhelység és egy kisebb vetítőszoba van. A kiállítás tematikája időrendi sorrendben követi a magyarországi totális diktatúrák berendezkedését.
Az első terem, amely az egész állandó kiállításhoz mintegy bevezetésként szolgál, a Kettős megszállás terme. Itt Magyarország náci és szovjet megszállását mutatjuk be. Pontosan meg is jelöljük azt a napot, amelyen a kiállítás fő témájához, a totális diktatúrák létrehozásához a hátteret egy idegen nagyhatalom megteremtette: 1944. március 19-e, a náci megszállás napja, a nemzeti függetlenség elvesztése.
A következő teremben, a Nyilas folyosón a nyilas uralom, azaz a totális diktatúrák kezdőpontját is megjelöljük. Ebben a teremben a végtelenül cinikus „Kitartás, jövünk!” szlogen mintegy felvezetése mindannak a borzalomnak, amely a házhoz kapcsolódó történet kapcsán bemutatunk. A Nyilas teremben a teljes, szürreális káoszt és borzalmakat próbáljuk visszaadni, amelyet a nyilas pártszolgálatosok terrorja jelentett az ország számára.
A következő, a Gulág-Málenkij robot terme azokra a magyarokra – civilekre, hadifoglyokra és politikai elítéltekre – emlékeztet, akiket a szovjet csapatok kényszermunkatáborokba hurcoltak. A terem nagysága, a terem padlót borító térkép, a visszaemlékezések, a terem falán elhelyezett faborítás jól mutatja a volt Szovjetunió végtelen térségeiben fogságban tartott barakklakó 700 000 magyar reménytelen sorsát.
A következő kisebb kiállítóhelyiség a közben bekövetkező hazai változásokat mutatja be: ez az Átöltözés terme. A háború után a kezdeti várakozásokkal ellentétben nem demokrácia és piacgazdaság, hanem egy újabb totális diktatúra és egy a józanésszel szembenálló gazdasági rendszer épült ki Magyarországon. A diktatúrák cserélődését, de lényegi egyezését, „átöltözését” mutatja a terem közepén forgó installáció egy nyilas és egy kommunista politikai rendőri egyenruhával – amelyek elvileg szemben állnak egymással, valójában pedig ugyanazon érme két oldalát jelentik.
Ezután a látogató a már kiépült kommunista diktatúra mindennapi valóságába léphet be, az ’50-es évek termébe.A terem első felében szavazófülkék vannak, az egypárti „szocialista demokrácia” emlékére, majd a hivatalos optimizmust és jókedvet sugalló berendezés után láthatjuk, hogy mi volt a függöny mögött: a terem hátsó részének berendezése a társadalom fölött megvalósuló totális kontrollt mutatja be.
Ezt követően a szovjet tanácsadók termét láthatja a látogató: mint ahogy a Nyilas teremben is utalunk az idegen nagy testvér jelenlétére, ugyanígy a szovjet tanácsadók termében azon szervezetek világába nyerhetünk bepillantást, amelyek felügyelték Magyarország szovjetizálását.
Az utolsó kiállító teremben pedig egy hosszú ideig elhallgatott, de annál fontosabb témáról, a kommunizmussal szembeni magyarországi ellenállásról kaphatunk képet. A vetítőszobában a látogatók helyet foglalhatnak és teljes hosszukban nézhetnek meg korabeli propagandafilmeket.